Дирекцию возглавляет генеральный директор, назначаемый и освобождаемый от должности Президентом Республики Саха (Якутия).
Министерство строительства и архитектуры Республики Саха (Якутия) заключает трудовой контракт с генеральным директором по согласованию с Министерством труда и социальной защиты Республики Саха (Якутия) и Государственным комитетом по управлению государственным имуществом Республики Саха (Якутия).
Генеральный директор имеет трех заместителей, в том числе одного первого заместителя, которые назначаются по представлению министра строительства и архитектуры Республики Саха (Якутия) Правительством Республики Саха (Якутия).
Министр строительства и архитектуры Республики Саха (Якутия) утверждает структуру, штатное расписание, формы оплаты труда и материальное поощрение работников Дирекции.
Генеральный директор Дирекции :
17.1. Руководит деятельностью Дирекции в соответствии с настоящим Положением.
17.2. Несет персональную ответственность за выполненные возложенных на Дирекцию задач и функций.
Заключает контракты и договора с руководителями подрядных предприятий.
Распределяет обязанности между заместителями директора, устанавливает пределы ответственности заместителей и руководителей структурных подразделений Дирекции.
Утверждает положение о структурных подразделениях.
Действует без доверенности от имени Дирекции, представляет ее во всех учреждениях и организациях.
Издает приказы и распоряжения в пределах своей компетенции в том числе во исполнение приказов и распоряжений вышестояших органов.
Назначает и освобождает от должности работников Дирекции, осуществляет меры по их моральному и материальному поощрению, налагает на виновных дисциплинарные взыскания.
Распоряжается имуществом и денежными средствами в соответствии с действующим законодательством в пределах условий, установленных контрактом, и договором на оперативное управление имуществом закрепленным за дирекцией в пределах утвержденных лимитов финансирования.
Открывает и закрывает расчетные и иные счета, совершает по ним операции, подписывает финансовые документы.
Генеральный директор Дирекции не может занимать какие-либо должности в коммерческих и общественных организациях,заниматься предпринимательской деятельностью. Ограничения не распространяются на выполнение научной, педагогической или творческой работы.