Управление реализацией Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольственной политики Республики Саха (Якутия), которое:
координирует деятельность исполнителей Программы, обеспечивает своевременную и качественную реализацию мероприятий Программы, осуществляет мониторинг выполнения мероприятий Программы, сбор статистической и аналитической информации о реализации программных мероприятий;
направляет бюджетные заявки на финансирование мероприятий на очередной финансовый год;
ежегодно уточняет объемы целевых индикаторов (показателей), эффективность реализации Программы, объем необходимых ассигнований на реализацию программных мероприятий, механизм реализации Программы и состав исполнителей;
в установленном порядке заключает соглашения с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации, главами органов местного самоуправления муниципальных районов и городских округов Республики Саха (Якутия), с другими участниками Программы по реализации мероприятий Программы, где предусматриваются обязательства по финансированию мероприятий Программы за счет средств федерального, республиканского, муниципального бюджетов и привлеченных внебюджетных средств (собственных средств участников и кредитных ресурсов), а также обязательства по выполнению мероприятий Программы и достижению установленных показателей;
проводит ежегодную оценку эффективности реализации Программы;
осуществляет контроль реализации Программы в соответствии с действующим законодательством.
При необходимости органами финансового контроля осуществляется контроль за целевым и эффективным использованием средств, выделяемых из государственного бюджета Республики Саха (Якутия) и федерального бюджета Российской Федерации на реализацию Программы.