В последние годы в республике значительно сократилось поголовье лошадей во всех категориях хозяйств (с 210 тыс. в 1992 году до 127,6 тыс. в 2000 году). В настоящее время самая ценная часть генофонда лошадей якутской породы сосредоточена на 5 конных заводах, 15 племенных предприятиях и 30 базовых коневодческих '-хозяйствах. Дальнейшая судьба породы в основном будет зависеть от эффективности работы этих крупных государственных и других сельскохозяйственных предприятий.
Исходя из этого программа предусматривает дальнейшее развитие материально-технической базы и укрепление финансового состояния этих коневодческих предприятий, улучшение технологии содержания и кормления, внедрения достижения науки и практики, расширение ассортимента и качества продукции, повышение эффективности ведения отрасли за счет использования лошадей на сельскохозяйственных работах и использования всех побочных продукций коневодства (кожевенные, эндокринно-ферментное и специальное сырье, конский волос и шерсть, конский навоз и т. д.).