Управление реализацией Программы осуществляется Министерством топливной промышленности и энергетики Республики Саха (Якутия) и Администрацией г. Якутска.
Ежеквартально на совместных заседаниях Министерства топливной промышленности и энергетики и Администрации г. Якутска решаются вопросы о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Министерство топливной промышленности и энергетики Республики Саха (Якутия) и Администрация г. Якутска, в свою очередь, в установленном порядке представляют отчет об эффективности целевого использования финансовых средств и о ходе реализации Программы в Министерство экономики и прогнозирования и Министерство финансов Республики Саха (Якутия).