Перечень подпрограмм установлен для достижения целей и решения задач, определенных основополагающими документами в части развития агропромышленного комплекса, а именно для увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции и выполнения показателей по направлениям сельскохозяйственного производства, рентабельность которых недостаточна для их самостоятельного эффективного развития.
Структура и перечень подпрограмм соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные сферы агропромышленного производства - производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое и информационное обеспечение, институциональные преобразования и социальное развитие сельских территорий, а также управление реализацией Программы.
Состав подпрограмм рассчитан на взаимосвязанное развитие агропромышленного комплекса республики и его основных сфер.