Министерство в соответствии с возложенными на него задачами обладает следующими основными функциями:
3.1. В области водных отношений:
3.1.1. Владение, пользование, распоряжение водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.2. Участие в установлении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия), в разработке порядка расчета и взимания такой платы.
3.1.3. Участие в деятельности бассейновых советов.
3.1.4. Разработка и реализация государственных программ Республики Саха (Якутия) по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Республики Саха (Якутия).
3.1.5. Резервирование источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения.
3.1.6. Осуществление регионального государственного надзора в области использования и охраны водных объектов, за исключением водных объектов, подлежащих федеральному государственному надзору.
3.1.7. Участие в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов в пределах своей компетенции.
3.1.8 Осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.9. Осуществление мер по охране водных объектов, находящихся в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.10. Разработка проекта правового акта о перечне объектов, подлежащих региональному государственному надзору в области использования и охраны водных объектов, за исключением водных объектов, подлежащих федеральному государственному надзору.
3.1.11. Утратил силу. - Указ Главы Республики Саха (Якутия) от 15.01.2018 N 2365.
3.1.12. Администрирование платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия) и федеральной собственности в порядке, установленном законодательством.
3.1.13. Приостановление или ограничение водопользования в соответствии с законодательством Российской Федерации.
3.1.14. Утверждение проекта зон санитарной охраны водных объектов, используемых для питьевого, хозяйственно-бытового водоснабжения и в лечебных целях, при наличии санитарно-эпидемиологического заключения о соответствии их санитарным правилам.
3.1.15. Подготовка предложений по определению границ зон затопления, подтопления территорий Республики Саха (Якутия), подверженных риску негативного воздействия вод.
3.1.16. Осуществляет отдельные переданные полномочия Российской Федерации:
3.1.16.1. Предоставление водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Республики Саха (Якутия), в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, указанных в части 1 статьи 21 Водного кодекса Российской Федерации.
3.1.16.2. Осуществление мер по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Республики Саха (Якутия).
3.1.16.3. Осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Республики Саха (Якутия).
3.1.17. Реализует полномочия в области безопасности гидротехнических сооружений:
3.1.17.1. Решение вопросов безопасности гидротехнических сооружений на соответствующих территориях, за исключением вопросов безопасности гидротехнических сооружений, находящихся в муниципальной собственности.
3.1.17.2. Участие в реализации государственной политики в области обеспечения безопасности гидротехнических сооружений.
3.1.17.3. Разработка и реализация государственных программ Республики Саха (Якутия) по обеспечению безопасности гидротехнических сооружений, в том числе гидротехнических сооружений, которые не имеют собственника или собственник которых неизвестен либо от права собственности на которые собственник отказался.
3.1.17.4. Обеспечение безопасности гидротехнических сооружений при использовании водных объектов и осуществлении природоохранных мероприятий.
3.1.17.5. Участие в принятии решения об ограничении условий эксплуатации гидротехнических сооружений в случаях нарушений законодательства о безопасности гидротехнических сооружений.
3.1.17.6. Участие в ликвидации последствий аварий гидротехнических сооружений.