5.1. Министерство возглавляет министр промышленности Республики Саха (Якутия), назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Саха (Якутия).
5.2. Министр имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности в установленном Президентом Республики Саха (Якутия) порядке.
5.3. Министр утверждает структуру и штатное расписание Министерства, должностные оклады, надбавки и доплаты работникам Министерства в соответствии с действующим законодательством, в пределах установленного фонда оплаты труда и численности.
5.4. Формирование расходов на содержание аппарата Министерства осуществляется за счет средств Республиканского бюджета Республики Саха (Якутия) на содержание органов исполнительной власти республики. Лимит численности работников, включая обслуживающий персонал, утверждается Указом Президента Республики Саха (Якутия) в установленном порядке.