Основными задачами Министерства являются:
2.1. Реализация в пределах своей компетенции основ государственной политики в области здравоохранения, разработка и реализация Программы государственных гарантий по оказанию бесплатной медицинской помощи населению республики, федеральных и республиканских целевых программ по развитию здравоохранения, профилактике заболеваний, оказанию медицинской помощи, обеспечению населения лекарственными средствами, медицинской техникой и изделиями медицинского назначения.
2.2. Обеспечение законодательной инициативы в области здравоохранения в пределах компетенции и по поручению Правительства Республики Саха (Якутия).
2.3. Организация оказания медицинской помощи населению.
2.4. Оптимизация сети и структуры управления отрасли здравоохранения, внедрение малозатратных технологий и видов медицинской помощи.
2.5. Координация и регулирование вопросов охраны здоровья населения в связи с воздействием на человека неблагоприятных факторов среды его обитания и условий жизнедеятельности.
2.6. Организация подготовки и переподготовки медицинских работников, совершенствование их знаний и практических навыков по специальности. Внедрение современных методов научно-технической организации труда управления, обеспечение учреждений, организаций и предприятий Министерства квалифицированными кадрами, подбор кадров на руководящую работу.
2.7. Рациональное использование капитальных вложений, осуществление мер по сокращению сроков строительства, своевременное введение в эксплуатацию строящихся объектов. Контроль за созданием современных производственно-технических и культурно-бытовых условий для работников учреждений, организаций и предприятий, подведомственных Министерству, обеспечение безопасных условий труда.
2.8. Содействие проведению научных исследований, внедрению достижений науки и техники в медицинскую практику.
2.9. Разработка в пределах своей компетенции республиканских нормативов и стандартов в области здравоохранения, включая медицинскую помощь, фармацевтическую деятельность, контроль за качеством предоставляемой населению медицинской помощи, качеством, эффективностью и безопасностью лекарственных, диагностических, дезинфекционных средств, иммунобиологических препаратов, изделий медицинского назначения и медицинской техники, их регистрации, а также контроля за соблюдением нормативов и стандартов.
2.10. Профилактика инвалидности и медицинская реабилитация инвалидов.
2.11. Обеспечение функционирования государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций при взаимодействии с Министерством по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий Республики Саха (Якутия), другими заинтересованными федеральными и республиканскими ведомствами.
2.12. Организация, по согласованию с Комитетом по статистике Республики Саха (Якутия), статистического учёта и отчётности в системе здравоохранения республики.
2.13. Координация и контроль деятельности лечебно-профилактических учреждений в условиях бюджетно-страховой медицины.
2.14. Рациональное, экономное и целевое использование средств, направляемых на финансирование здравоохранения, независимо от их источников.