Заседания Коллегии проводятся не реже одного раза в квартал, согласно плану работы Коллеги, утвержденному председателем Коллегии.
Заседания Коллегии ведет председатель. В случае отсутствия председателя заседание Коллегии проводит заместитель председателя.
В случае разногласий между министром и Коллегией, министр проводит в жизнь свое решение, докладывает о возникших разногласиях Правительству Республики Саха (Якутия).