5.1. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Саха (Якутия) по представлению Председателя Правительства Республики Саха (Якутия) и согласованию с Государственным Собранием (Ил Тумэн) Республики Саха (Якутия).
5.2. Заместители министра назначаются на должность и освобождаются от должности в порядке, установленном Президентом Республики Саха (Якутия).
5.3. По направлениям деятельности в структуре Министерства образуются:
1. Управление жилищно-коммунального хозяйства;
2. Управление обеспечения и поставки госзаказа ТЭР;
3. Управление материально-технического обеспечения и транспорта;
4. Управление по техническому надзору и оперативному реагированию;
5. Управление финансового планирования и экономического анализа;
6. Управление экономического учета, контроля и работы с населением по коммунальным платежам;
7. Управление целевых программ, энергоресурсосбережения и инвестиций;
8. Управление по контролю и работе с персоналом;
9. Департамент электроэнергетики;
10. Отдел централизованных расчетов;
11. Отдел большой и малой энергетики;
12. Отдел электрических сетей и подстанций;
13. Отдел по аттестации, лицензированию юридических и физических лиц;
14. Отдел работы с населением по коммунальным платежам и субсидиям.