3.1. Директор Департамента назначается на должность и освобождается от должности распоряжением Губернатора автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа, координирующего и контролирующего деятельность департамента.
Назначение на должность директора Департамента осуществляется по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере здравоохранения.
3.2. Директор Департамента несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
3.3. Директор имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора - осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии.
Первый заместитель директора Департамента, осуществляющий свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Губернатора автономного округа по представлению директора Департамента, согласованному с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим соответствующую сферу деятельности.
Заместители директора Департамента назначаются на должность и освобождаются от должности директором Департамента по согласованию с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим соответствующую сферу деятельности.
3.4. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора Департамента от имени представителя нанимателя подписывает руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
3.5. Структурными подразделениями Департамента являются управления по основным направлениям деятельности Департамента. В состав управлений включаются отделы и секторы.
3.6. Директор Департамента:
3.6.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
3.6.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Департамента, должностные регламенты государственных гражданских служащих Департамента.
3.6.3. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Департамента.
3.6.4. Представляет Губернатору и Администрации автономного округа предложения по внесению изменений в Положение и штатную численность Департамента.
3.6.5. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством автономного округа о гражданской государственной службе вопросы, связанные с прохождением гражданской государственной службы в Департаменте.
3.6.6. Вносит в департамент финансов автономного округа предложения по формированию окружного бюджета.
3.6.7. Представляет в Администрацию автономного округа в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации окружных государственных предприятий и учреждений, находящихся в ведении Департамента.
3.6.8. Представляет в установленном порядке работников Департамента, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий автономного округа.
3.6.9. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия Департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящихся к компетенции Департамента.