5.1. Департамент возглавляет директор Департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности распоряжением Губернатора автономного округа. Назначение на должность директора Департамента осуществляется по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющий функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания.
5.2. Директор Департамента руководит деятельностью департамента на основе принципа единоначалия и несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
5.3. Директор Департамента имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора - осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии. Заместитель директора непосредственно руководит одним из управлений Департамента.
Первый заместитель директора Департамента, осуществляющий свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности распоряжением Губернатора автономного округа по представлению директора Департамента, согласованному с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим соответствующую сферу.
5.4. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора Департамента от имени представителя нанимателя подписывает заместитель Губернатора, руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
5.5. Структурными подразделениями Департамента являются управления и отделы по основным направлениям деятельности Департамента.
5.6. Директор Департамента:
5.6.1. распределяет обязанности между своими заместителями и руководителями структурных подразделений;
5.6.2. назначает на должность и освобождает от должности государственных гражданских служащих и иных работников Департамента в соответствии с утверждённой в установленном порядке штатной численностью;
5.6.3. утверждает положения о структурных подразделениях Департамента, должностные регламенты государственных гражданских служащих и должностные инструкции других работников Департамента;
5.6.4. решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством автономного округа о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Департаменте;
5.6.5. вносит в установленном порядке Губернатору автономного округа и Администрации автономного округа проекты правовых актов, другие документы в соответствии с установленной сферой деятельности Департамента;
5.6.6. в установленном порядке представляет в Администрацию автономного округа предложения о создании, реорганизации и ликвидации, подведомственных Департаменту государственных учреждений;
5.6.7. представляет в установленном порядке работников Департамента и подведомственных Департаменту государственных учреждений, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий автономного округа;
5.6.8. утверждает ежегодные планы работы и показатели деятельности подведомственных Департаменту государственных учреждений, а также отчёты об их деятельности;
5.6.9. утверждает уставы, штатные расписания, сметы доходов и расходов на содержание подведомственных Департаменту государственных учреждений в пределах утверждённых на соответствующий период бюджетных ассигнований. Заключает и расторгает трудовые договоры с руководителями подведомственных Департаменту государственных учреждений, назначает их на должность, освобождает от должности;
5.6.10. по вопросам, входящим в полномочия Департамента, представляет Департамент в отношениях с другими органами государственной власти, гражданами и организациями;
5.6.11. подписывает от имени Департамента приказы, договоры и другие документы гражданско-правового характера;
5.6.12. осуществляет иные полномочия, установленные федеральным законодательством и законодательством автономного округа.
5.7. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящихся к компетенции Департамента.
5.8. Директор Департамента, полномочия которого были прекращены, продолжает исполнять свои обязанности до назначения нового директора Департамента.