Основными задачами Департамента являются:
2.1. Осуществление государственного управления в области охраны, воспроизводства и регулирования использования объектов животного мира и среды их обитания на территории автономного округа, а также в области организации и функционирования, особо охраняемых природных территорий регионального значения.
2.2. Организация взаимодействия органов исполнительной власти автономного округа, федеральных органов исполнительной власти и их территориальных органов, органов местного самоуправления, граждан и общественных объединений, иных организаций по вопросам, входящим в компетенцию Департамента.