Южно-Ямальский участок (северо-западная и юго-восточная части) расположен на территории Ямальского района Ямало-Ненецкого автономного округа на площади 1431970 га.
Северо-западная часть Южно-Ямальского участка. От первоначальной точки (координаты 70 48'35" с.ш., 66 28'07" в.д.), лежащей на мысу Северный Конец (острова Шараповы Кошки), граница идёт прямой линией расстоянием 10,8 км на юго-восток, пересекая залив Шарапов Шар до мыса Вангасаля (Уэнган) (координаты 70 44'47" с.ш., 66 41'27" в.д.), далее проходит по береговой линии полуострова Ямал сначала на восток, затем на юго-восток до устья р. Надуйяха (координаты 70 43'35" с.ш., 67 22'18" в.д.) и вверх по руслу р. Надуйяха до места слияния с протокой Сяряръюн (координаты 70 34'28" с.ш., 67 50'54" в.д.), далее следует на юг по руслу этой протоки до места слияния её с р. Юнетаяха (координаты 70 32'39" с.ш., 67 48'57" в.д.).
Отсюда прямой линией южного направления расстоянием 38,5 км выходит на р. Юмбатаяха (координаты 70 11'54" с.ш., 67 45'11" в.д.), находящуюся в устье р. Хальмеръяха (левый приток), затем вверх по руслу р. Юмбатаяха до устья р. Халэвтосё (координаты 70 07'13" с.ш., 68 08'51" в.д.) и вверх по руслу р. Халэвтосё до крайней северо-западной точки землеотвода под строительство газопровода (координаты 70 07'22" с.ш., 68 13'40" в.д.), далее по его западной границе от входа газопровода на территорию заказника в южном направлении до точки пересечения в акватории Байдарацкой губы на расстоянии 1 км от береговой линии (координаты 69 17'20" с.ш., 68 02'18" в.д.). Далее граница проходит общим северным направлением вдоль западного побережья полуострова Ямал по акватории Байдарацкой губы и Карского моря на расстоянии 1,0 км от береговой линии до мыса Северный Конец в первоначальную точку описания.
Юго-восточная часть Южно-Ямальского участка. От северо-восточной точки землеотвода под строительство газопровода, пересекающейся с границей заказника (координаты 70 07'20" с.ш., 68 15'06" в.д.) по руслу р. Халэвтосе до истока (оз.Халэвто) (координаты 70 06'01" с.ш., 68 23'08" в.д.). Далее проходит по северному берегу оз. Халэвто на восток до точки на северо-восточном берегу оз. Халэвто (координаты 70 05'56'' с.ш., 68 26'29'' в.д.), от неё на северо-северо-восток 18 км до точки, расположенной на правом берегу р. Мордыяха (координаты 70 14'59'' с.ш., 68 37'25'' в.д.). Далее точно на восток 13,7 км до точки (координаты 70 14'59'' с.ш., 68 59'15'' в.д.) в 0,5 км западнее железнодорожной линии "Обская - Бованенково". От этой точки общим направлением на юг вдоль ж/д линии на расстоянии 0,5 км к западу от неё, до точки (координаты 70 08'27" с.ш., 68 59'38" в.д.) и далее, плавной линией обогнув с запада ст. Бованенково и объекты строительства (карьеры грунта) на расстоянии 1,5 км до точки (координаты 70 06'02" с.ш., 68 58'38" в.д.) южнее ст. Бованенково. Граница продолжается прежним направлением к югу в 0,5 км от ж/д линии до точки с координатами 70 03'55'' с.ш., 69 02'31'' в.д., где поворачивает на юго-запад, через 0,7 км (координаты точки 70 03'34" с.ш., 69 02'02" в.д.) меняет направление на западное, а через 1,4 км (координаты точки 70 03'32" с.ш., 68 59'50" в.д.) на южное и через 5,5 км приходит в точку (координаты 70 00'34" с.ш., 69 00'01" в.д.) на р. Лымбадъяха в 2,45 км по прямой к западу от места впадения в неё р. Нелякотарка. Далее граница проходит вверх по руслу р. Лымбадъяха до точки, расположенной в 1,9 км восточнее предыдущей (координаты 70 00'29" с.ш., 69 03'03" в.д.) и поворачивает на юг. Через 6,9 км граница приходит в место впадения р. Хэнеяха в р. Нерутаяха (координаты 69 56'47" с.ш., 69 02'39" в.д.).
Далее граница продолжается вверх по руслу р. Нерутаяха до устья р. Нензаяха (координаты 69 52'22" с.ш., 69 22'37" в.д.) и вверх по руслу последней до истока (координаты 69 45'40" с.ш., 69 40'11" в.д.), отсюда прямой линией, расстоянием 15,5 км идёт на юго-восток до оз. Ясавэйто (координаты 69 44'30" с.ш., 70 05'43" в.д.), расположенную в устье р. Верхняя Ясавэйяха, далее проходит по восточному берегу оз. Ясавэйто до точки, расположенной в устье безымянного ручья (координаты 69 40'52''N , 70 19'16''E), и прямой линией 0,9 км на восток до точки, расположенной на северном берегу безымянного озера, истока р. Лэрадъяха (координаты 69 40'53''N , 70 20'38''E). Далее по левому берегу р. Лэрадъяха, включая проточное безымянное озеро в её верховьях, до её впадения в р. Ясавэйяха (координаты 69 37'07''N , 70 12'45''E). Отсюда продолжается вниз по левому берегу р. Ясавэйяха до точки с координатами 69 30'19'' с.ш., 69 55'18'' в.д., далее 1,4 км на юг до точки, расположенной на восточном берегу безымянного озера (координаты 69 29'31'' с.ш., 69 55'06'' в.д.). Далее 2,4 км на юго-юго-запад до точки, расположенной на восточном берегу другого безымянного озера (координаты 69 28'16'' с.ш., 69 54'21'' в.д.).
Граница продолжается на юго-запад 17,4 км до точки, расположенной на северо-восточном берегу безымянного озера (координаты 69 20'31'' с.ш., 69 39'49'' в.д.). Далее на юг 20,5 км до точки (координаты 69 09'28'' с.ш., 69 43'24'' в.д.), находящейся в 6,1 км ниже устья р. Яяха, считая по прямой.
Здесь граница поворачивает строго на юг и прямой линией выходит на левый берег р. Юрибей в устье р. Суюхангалава-Яха (координаты 68 54'55" с.ш., 69 43'12" в.д.), затем проходит по левому берегу р. Юрибей до устья в точку, расположенную на мысу Таркасаля (координаты 68 54'56" с.ш., 69 08'54" в.д.).
От мыса Таркасаля, граница проходит общим северным направлением вдоль западного побережья полуострова Ямал по акватории Байдарацкой губы, на расстоянии 1,0 км от береговой линии, до крайней южной точки границы землеотвода под газопровод в акватории Байдарацкой губы (координаты 69 17'01" с.ш., 68 02'20" в.д.) и далее на север по восточной границе землеотвода под газопровод в начальную точку описания.
В территорию заказника не входит зона железнодорожной линии "Обская - Бованенково" общей площадью 495 га. Она представляет собой извилистую полосу шириной от 0,2 до 0,3 км. В месте входа в заказник с юга западная точка на границе заказника имеет координаты 69 36'29" с.ш., 70 07'32" в.д., восточная - 69 36'27" с.ш., 70 08'08" в.д. В месте выхода из заказника на севере координаты западной точки на границе заказника 69 45'17" с.ш., 69 48'38" в.д., а восточной - 69 45'16" с.ш., 69 48'42" в.д.
Кроме территории расположенной на полуострове Ямал, в состав заказника входит территория суши, включающая острова Шараповы Кошки, Марресальские Кошки, о. Нгонярцо (Болотный), о. Литке, о. Лабтанго и ряд мелких прибрежных островов.
Из морской акватории в состав заказника входят залив Шарапов Шар, губа Крузенштерна, залив Вэбаркапаха, залив Мутный, бухта Лыхыпаха, северная часть залива Юрибей.
Северо-Ямальский участок расположен на территории Ямальского района Ямало-Ненецкого автономного округа на площади 396 750 га.
От первоначальной точки (координаты 73 22'39" с. ш., 69 58'52" в. д.), расположенной в акватории Карского моря в 1,0 км к западу по прямой от мыса Рагозина (о. Белый), граница проходит по акватории Карского моря, вдоль береговой линии о. Белый на расстоянии 1,0 км, включая острова Безымянный, Табнго, Тюбцянго и ряд мелких островов, до точки, находящейся в проливе Малыгина в 8,9 км к юго-востоку по прямой от северной оконечности о. Табнго и в 3,7 км к юго-востоку от южной оконечности о. Тюбцянго (координаты 72 59'59" с.ш., 71 48'03" в. д.), далее идёт прямой линией на юго-запад, пересекает пролив Малыгина, расстоянием 13,0 км до точки, лежащей в проливе Малыгина в 1,0 км по прямой к северу от мыса Хэсаля (Шайтанов) (координаты 72 53'52" с.ш., 71 36'34" в.д.).
Отсюда граница проходит по акватории Обской губы вдоль береговой линии полуострова Ямал на юго-восток на расстоянии 1,0 км, включая остров Халэвнго и ряд мелких островов до точки, находящейся в Обской губе в 1,0 км к востоку по прямой от устья р. Хабэйяха (координаты 72 29'06" с.ш. 72 45'47" в. д.), затем выходит в устье р. Хабэйяха (координаты 72 29'07" с.ш., 72 49'47" в. д.) и вверх по правому берегу р. Хабэйяха до устья р. Нядаяха (Хасаяха) (координаты 72 29'27" с.ш., 72 37'20" в.д.).
Далее граница следует прямой линией расстоянием 32,7 км на северо-запад, до точки (координаты 72 40'55" с.ш., 71 52'21" в. д.), лежащей в истоке р. Мюселаваяха (слияние двух ручьев), и вниз по руслу последней до устья (координаты 72 43'35" с. ш., 71 48'46" в. д.), далее проходит прямой линией, северо-западного направления расстоянием 34,0 км до устья р. Яхадыяха (координаты 72 52'53" с.ш., 70 55'07" в. д.), отсюда прямой линией на северо-запад расстоянием 21,0 км, пересекает пролив Малыгина и выходит в точку, расположенную в 1,0 км по прямой к югу от устья р. Ярапензаяха (о. Белый) (координаты 73 02'30" в. д.).
Затем следует вдоль береговой линии острова Белый на расстоянии 1,0 км, по акватории Карского моря сначала на юго-запад, затем, обогнув мыс Малыгина, на северо-восток в первоначальную точку описания, расположенную в 1,0 км по прямой от мыса Рагозина.