3.1. Без согласования специально уполномоченного органа по охране, контролю и регулированию использования биоресурсов автономного округа на территории Заказника запрещается любая деятельность, причиняющая прямой или косвенный ущерб диким животным и растениям, а также среде их обитания, составляющих природные комплексы Заказника:
- взрывные работы, геологоразведочные изыскания, разработка и добыча полезных ископаемых;
- сбор грибов, ягод, семян и иных растений, занесённых в Красные книги Российской Федерации и автономного округа;
- промысловая, спортивная и любительская охота и рыболовство, а также нахождение на территории Заказника с оружием, капканами и другими орудиями лова;
- сбор зоологических, ботанических, минералогических и палеонтологических объектов;
- строительство зданий (кроме кордонов для службы охраны Заказника) и сооружений, дорог и трубопроводов, линий электропередачи и прочих коммуникаций;
- применение ядохимикатов, минеральных удобрений, химических средств;
- проезд и стоянка автомототранспорта, судов и иных плавучих транспортных средств;
- любая иная деятельность, если она противоречит целям создания Заказника или препятствует сохранению, восстановлению и воспроизводству его природных комплексов и компонентов природной среды.
3.2. Работникам Заказника и гражданам из числа коренных малочисленных народов Севера (проживающих на территории Заказника), чьё существование и доходы полностью или частично основаны на традиционном образе жизни (оленеводстве, рыболовстве, охоте), на территории Заказника разрешается ограниченное природопользование по согласованию со специально уполномоченным органом по охране, контролю и регулированию использования биоресурсов автономного округа.
3.3. На территории Заказника допускается добывание видов животного мира, с целью регулирования численности, которое может осуществляться в установленном порядке с разрешения специально уполномоченного органа по охране, контролю и регулированию использования биоресурсов автономного округа и оформлением на то соответствующих документов.
3.4. На территории Южно-Ямальского участка Заказника, прилегающей к газопроводу "Бованенково - Ухта", установлен особый режим (согласно Положению об особом режиме) природопользования.