5.1. Службу возглавляет руководитель, являющийся главным государственным ветеринарным инспектором автономного округа. Руководитель Службы назначается на должность и освобождается от должности Губернатором автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа, курирующего Службу, по согласованию с Главным государственным ветеринарным инспектором Российской Федерации.
5.2. Правовые акты и документы (приказ о заключении служебного контракта на определённый срок, служебный контракт на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с руководителем Службы от имени представителя нанимателя подписывает заместитель Губернатора, руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
5.3. Руководитель Службы имеет заместителя, который исполняет обязанности руководителя Службы в период его временного отсутствия.
5.4. Заместитель руководителя Службы непосредственно руководит одним из отделов службы.
5.5. Структура Службы включает в себя руководителя Службы, заместителя руководителя Службы, структурные подразделения Службы - управления, отделы, сектора.
5.6. Положения, структура и штатная численность структурных подразделений Службы утверждаются приказом Службы.
5.7. Структурные подразделения Службы осуществляют деятельность в соответствии с положениями о них. Руководство деятельностью структурного подразделения осуществляет руководитель подразделения.
5.8. Должностные лица Службы, осуществляющие государственный ветеринарный надзор, являются государственными ветеринарными инспекторами.
5.9. Руководитель Службы:
5.9.1. руководит Службой, непосредственно организует деятельность Службы на основе принципа единоначалия и несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Службу задач и функций;
5.9.2. устанавливает порядок работы структурных подразделений Службы, а также определяет вопросы, входящие в сферу их ведения;
5.9.3. устанавливает и распределяет обязанности между руководителями структурных подразделений Службы;
5.9.4. действует от имени службы без доверенности, в порядке, предусмотренном законодательством, в том числе представляет Службу в суде, во взаимоотношениях Службы с организациями и гражданами, исполнительными органами государственной власти и органами местного самоуправления муниципальных образований автономного округа;
5.9.5. самостоятельно назначает на должность и освобождает от должности заместителей руководителя Службы, руководителей структурных подразделений и работников Службы в пределах утверждённой штатной численности и фонда оплаты труда;
5.9.6. представляет на утверждение Губернатору автономного округа Положение, состав основных структурных подразделений, штатную численность государственных гражданских служащих и иных работников Службы;
5.9.7. издаёт приказы по вопросам основной деятельности Службы, отнесённым к её компетенции, и подписывает служебные документы;
5.9.8. определяет порядок работы структурных подразделений Службы, утверждает штатные расписания и положения о них, а также утверждает должностные регламенты государственных гражданских служащих автономного округа, замещающих должности государственной гражданской службы в Службе, и должностные инструкции иных работников Службы;
5.9.9. распоряжается бюджетными средствами в соответствии со сметой Службы, имеет право подписи на финансовых и банковских документах;
5.9.10. подписывает договоры, соглашения, государственные контракты;
5.9.11. выдаёт в установленном порядке доверенности на представительство интересов Службы в суде, во взаимоотношениях Службы с организациями и гражданами, исполнительными органами государственной власти и органами местного самоуправления муниципальных образований в автономном округе;
5.9.12. контролирует состояние исполнительской и трудовой дисциплины, устанавливает правила внутреннего трудового распорядка в Службе;
5.9.13. решает вопросы командирования и утверждает график отпусков работников Службы и руководителей подведомственных учреждений;
5.9.14. решает вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Службе, принимает решение о поощрении сотрудников Службы и применении к ним мер дисциплинарного взыскания, обеспечивает профессиональную переподготовку и повышение квалификации сотрудников Службы;
5.9.15. утверждает в установленном порядке уставы, штатную численность, структуру и штатное расписание, сметы доходов и расходов на содержание подведомственных Службе учреждений;
5.9.16. назначает на должность и освобождает от должности руководителей подведомственных учреждений, заключает, изменяет и расторгает трудовые договоры (контракты) с ними, утверждает для них должностные инструкции;
5.9.17. координирует и контролирует работу подведомственных Службе учреждений по вопросам их уставной деятельности, исполнения трудового законодательства, ведения кадровой и юридической работы, финансово-экономической деятельности и иным вопросам;
5.9.18. вносит в установленном порядке Губернатору и (или) Администрации автономного округа проекты нормативных правовых актов, другие документы в соответствии с установленной компетенцией;
5.9.19. награждает почётной грамотой Службы, объявляет благодарность Службы, а также представляет в установленном порядке государственных гражданских служащих и иных работников Службы, подведомственных ей учреждений и иных граждан, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к награждению государственными наградами Российской Федерации, присвоению почётных званий Российской Федерации, награждению граждан наградами и иными знаками отличия автономного округа в соответствии с федеральным законодательством и законодательством автономного округа.