Основными задачами Службы являются:
- профилактика инфекционных, инвазионных и массовых незаразных болезней животных, ликвидация их вспышек;
- охрана территории автономного округа от заноса острых инфекционных заболеваний животных;
- защита населения от болезней, общих для человека и животных, обеспечение безопасности продукции и сырья животного происхождения;
- осуществление государственного ветеринарного надзора.