3.1. Департамент осуществляет следующие государственные функции и оказывает следующие государственные услуги:
3.1.1. Образование и охрана особо охраняемых природных территорий регионального значения (заказников, природных парков), управление и контроль в области охраны и использования таких территорий в установленном порядке.
3.1.2. Ведение государственного кадастра и мониторинга особо охраняемых природных территорий регионального значения в соответствии с федеральным законодательством.
3.1.3. Осуществление государственного контроля и надзора за соблюдением законодательства в области охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания на территории автономного округа, за исключением государственного контроля и надзора за соблюдением законодательства в области охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.1.4. Организация и осуществление охраны и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания, за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, с последующим представлением сведений федеральным органам исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания.
3.1.5. Учреждение и ведение Красной книги автономного округа.
3.1.6. Разработка и реализация региональных программ по охране и воспроизводству объектов животного мира и среды их обитания.
3.1.7. Установление согласованных с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере агропромышленного комплекса и рыболовства, объёмов (лимитов) изъятия объектов животного мира, отнесённых к объектам охоты, за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.1.8. Предоставление животного мира в пользование в установленном порядке.
3.1.9. Выдача лицензий (за исключением распорядительных) и разрешения на использование объектов животного мира, за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также объектов, занесённых в Красную книгу Российской Федерации.
3.1.10. Выдача разрешений на содержание и разведение объектов животного мира в полувольных условиях и искусственно созданной среде обитания (за исключением объектов, занесённых в Красную книгу Российской Федерации).
3.1.11. Выдача разрешений на пользование животным миром в научных, культурно-просветительных, воспитательных, рекреационных и эстетических целях с изъятием объектов животного мира из природной среды, за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения.
3.1.12. Выдача долгосрочной лицензии на пользование животным миром в установленном порядке.
3.1.13. Выдача именных разовых лицензий на использование объектов животного мира.
3.1.14. Ведение государственного учёта численности объектов животного мира, государственного мониторинга и государственного кадастра объектов животного мира в пределах автономного округа, за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, с последующим представлением сведений федеральным органам исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания, в том числе привлекает научные учреждения для выполнения научно-исследовательских работ по определению видового, количественного состава объектов животного мира, отнесённых к объектам охоты, сохранения и восстановления, в пределах своей компетенции.
3.1.15. Организация и проведение конкурса на предоставление территории или акватории, необходимой для осуществления пользования животным миром.
3.1.16. Заключение договоров с пользователями о предоставлении территории или акватории, необходимой для осуществления пользования животным миром в установленном порядке.
3.1.17. Осуществление контроля за использованием капканов и ловушек.
3.1.18. Регулирование численности объектов животного мира, за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, в порядке, установленном федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания.
3.1.19. Определение объектов животного мира, численность которых подлежит регулированию.
3.1.20. Введение на территории автономного округа ограничений и запретов на использование объектов животного мира в целях их охраны и воспроизводства, за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, по согласованию с федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по контролю и надзору в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания.
3.1.21. Сохранение объектов животного мира путём изменения вида пользования животным миром.
3.1.22. Осуществление мер по воспроизводству объектов животного мира и восстановлению среды их обитания, нарушенных в результате стихийных бедствий и по иным причинам, за исключением объектов животного мира и среды их обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.1.23. Осуществление контроля за оборотом продукции, получаемой от объектов животного мира.
3.1.24. Охрана водных биологических ресурсов на внутренних водных объектах, за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения и пограничных зон, а также водных биологических ресурсов внутренних вод, занесённых в Красную книгу Российской Федерации, анадромных и катадромных видов рыб, трансграничных видов рыб и других водных животных, перечни которых утверждаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере агропромышленного комплекса и рыболовства.
3.1.25. Организация проведения научно-исследовательских работ, направленных на сохранение и воспроизводство рыбных запасов в водоёмах автономного округа.
3.1.26. Участие в деятельности рыбохозяйственного Совета автономного округа.
3.1.27. Распределение квот добычи (вылова) водных биоресурсов для промышленных, спортивных и любительских целей между пользователями водными биоресурсами и квоты для обеспечения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности для коренных малочисленных народов Севера с учётом представленных рекомендаций рыбохозяйственного Совета.