5.1. Департамент возглавляет начальник, назначаемый и освобождаемый от должности Губернатором автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа по социальному развитию.
5.2. Заместители начальника департамента назначаются на должность и освобождаются от должности Губернатором автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа по социальному развитию.
5.3. Начальник департамента:
- несет персональную ответственность за выполнение возложенных на департамент задач и осуществление им своих функций;
- руководит на принципах единоначалия деятельностью департамента, координирует и контролирует деятельность подведомственных ему органов, учреждений, организаций;
- самостоятельно принимает решения по вопросам компетенции департамента;
- назначает на должность и освобождает от должности служащих департамента;
- налагает дисциплинарные взыскания на работников департамента;
- представляет в установленном порядке особо отличившихся работников к присвоению почетных званий и наград;
- участвует в заседаниях и совещаниях, проводимых Администрацией Ямало-Ненецкого автономного округа при обсуждении вопросов, входящих в компетенцию департамента;
- по согласованию с комитетом по управлению государственным имуществом Администрации Ямало-Ненецкого автономного округа назначает и увольняет главных врачей окружных лечебно-профилактических учреждений;
- согласовывает с главами муниципальных образований назначение и увольнение главных врачей центральных районных и городских больниц;
- разрабатывает и представляет на утверждение Губернатору автономного округа структуру и штатное расписание департамента;
- утверждает в установленном порядке уставы подведомственных департаменту учреждений и организаций;
- осуществляет другие права в соответствии с действующим законодательством.
5.4. Начальник департамента в пределах своей компетенции издает приказы и дает указания на основе и во исполнение постановлений и распоряжений Губернатора автономного округа, директивных документов Министерства здравоохранения Российской Федерации, подлежащие обязательному исполнению всеми ведомственными учреждениями и организациями здравоохранения, организует их исполнение.
5.5. Приказы начальника департамента по вопросам диагностики, лечения и профилактики заболеваний, а также по другим вопросам, отнесенным к компетенции департамента, обязательны для всех учреждений здравоохранения, организаций независимо от ведомственной принадлежности и форм собственности на территории автономного округа.
5.6. В департаменте образуется коллегия в составе начальника департамента - председателя, заместителей начальника, главных специалистов департамента клинического и фармацевтического профиля, главных врачей окружных лечебно-профилактических учреждений, председателя лицензионно-аккредитационной комиссии и исполнительного директора окружного фонда обязательного медицинского страхования.
5.7. Коллегия рассматривает важнейшие вопросы деятельности отрасли, решения коллегии претворяются в жизнь приказом начальника департамента.
5.8. В случае разногласий между председателем и коллегией, председатель проводит в жизнь свое решение, докладывая о возникновении разногласий заместителю Губернатора автономного округа по социальному развитию.