Основными задачами департамента являются:
2.1. Определение основных направлений по дальнейшему развитию системы здравоохранения Ямало-Ненецкого автономного округа и системы лекарственного обеспечения.
2.2. Обеспечение мер по реализации законодательства Российской Федерации и законодательства Ямало-Ненецкого автономного округа в сфере охраны здоровья граждан и фармацевтической деятельности.
2.3. Контроль за качеством предоставляемой населению медицинской помощи и за соблюдением нормативов и стандартов в области здравоохранения.
2.4. Обеспечение гарантированности и доступности медицинской помощи в объеме окружной базовой программы.
2.5. Осуществление государственного контроля качества, эффективности, безопасности лекарственных средств, надзор за фармацевтической деятельностью и иные действия в сфере обращения лекарственных средств на территории Ямало-Ненецкого автономного округа.
2.6. Контроль за сохранением гарантированного уровня бесплатной и льготной лекарственной помощи.
2.7. Лицензирование медицинской и фармацевтической деятельности.
2.8. Контроль за деятельностью комиссии по аккредитации медицинской деятельности.
2.9. Контроль за работой комиссий по аттестации медицинских и фармацевтических работников с высшим и средним образованием.
2.10. Международное сотрудничество в сфере здравоохранения и фармацевтической деятельности.