3.1. Департамент возглавляет директор Департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности правовым актом Губернатора автономного округа.
3.2. Директор Департамента руководит деятельностью Департамента на основе принципа единоначалия и несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
3.3. Директор Департамента имеет трёх заместителей, один из которых - первый заместитель директора Департамента осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии.
Первый заместитель директора Департамента назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Губернатора автономного округа.
3.4. Заместители директора Департамента назначаются на должность и освобождаются от должности директором Департамента.
3.5. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора Департамента от имени представителя нанимателя подписывает заместитель Губернатора автономного округа, руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
3.7. Директор Департамента:
3.7.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
3.7.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Департамента, должностные регламенты государственных гражданских служащих департамента, должностные инструкции работников Департамента.
3.7.3. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности государственных гражданских служащих Департамента.
3.7.4. Представляет Администрации автономного округа предложения по внесению изменений в штатную численность Департамента.
3.7.5. Решает в соответствии с федеральным законодательством, законодательством автономного округа о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Департаменте.
3.7.6. Утверждает ежегодный план работы и показатели деятельности подведомственных Департаменту государственных учреждений, а также отчёты об их деятельности.
3.7.7. Вносит в департамент финансов автономного округа предложения по формированию окружного бюджета и финансированию государственных учреждений, подведомственных Департаменту.
3.7.8. Вносит в Администрацию автономного округа проекты нормативных правовых актов, другие документы в установленной сфере деятельности.
3.7.9. Представляет в Администрацию автономного округа в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации окружных государственных учреждений, находящихся в ведении Департамента.
3.7.10. Согласовывает (визирует) проекты правовых актов, конкурсной документации, договоров, государственных контрактов, соглашений и иных документов в случаях и порядке, которые установлены нормативными правовыми актами автономного округа.
3.7.11. Даёт поручения подведомственным Департаменту государственным учреждениям и контролирует их исполнение.
3.7.12. Представляет в установленном порядке государственных гражданских служащих Департамента и работников государственных учреждений, подведомственных Департаменту, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий и наград автономного округа.
3.8. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия Департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящихся к компетенции Департамента.