5.1. Департамент возглавляет директор Департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором автономного округа.
Директор Департамента несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
5.2. Директор имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора - осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии. Заместитель директора непосредственно руководит одним из управлений Департамента.
Первый заместитель директора Департамента, осуществляющий свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности Губернатором автономного округа по представлению директора Департамента, согласованному с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим деятельность Департамента.
Первый заместитель директора Департамента в отсутствие директора Департамента приобретает всю полноту власти и действует от имени Департамента на основании прав по должности (без доверенности или приказа).
Заместители директора Департамента назначаются на должность и освобождаются от должности директором Департамента. В отсутствие директора Департамента и первого заместителя директора Департамента исполнение обязанностей директора департамента осуществляет один из заместителей директора Департамента на основании приказа директора Департамента.
5.3. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора от имени нанимателя подписывает заместитель Губернатора, руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
5.4. Директор Департамента:
5.4.1. непосредственно организует работу Департамента на основе принципа единоначалия;
5.4.2. распределяет должностные обязанности между заместителями, руководителями структурных подразделений Департамента;
5.4.3. подписывает приказы по вопросам деятельности Департамента, обязательные к исполнению государственными гражданскими служащими, проходящими государственную гражданскую службу в Департаменте;
5.4.4. утверждает положения о структурных подразделениях Департамента;
5.4.5. решает вопросы о поощрении и привлечении к дисциплинарной ответственности государственных гражданских служащих Департамента в установленном порядке;
5.4.6. утверждает должностные регламенты государственных гражданских служащих Департамента;
5.4.7. подписывает и визирует документы от имени Департамента;
5.4.8. утверждает планы и регламенты работы Департамента и структурных подразделений Департамента;
5.4.9. представляет Администрации автономного округа предложения по внесению изменений в штатную численность Департамента;
5.4.10. разрабатывает и осуществляет мероприятия, направленные на улучшение организации деятельности Департамента;
5.4.11. обеспечивает соблюдение работниками Департамента правил охраны труда, трудовой дисциплины и требований, установленных регламентными документами;
5.4.12. распоряжается денежными средствами Департамента в пределах сумм, выделяемых на его финансирование по смете, подписывает договоры и соглашения Департамента, выдаёт в установленном порядке доверенности на представительство Департамента в суде, во взаимоотношениях Департамента с организациями и гражданами, органами государственной власти и органами местного самоуправления в автономном округе;
5.4.13. решает в соответствии с федеральным законодательством и законодательством автономного округа о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Департаменте;
5.4.14. вносит в установленном порядке Губернатору автономного округа, в Администрацию автономного округа проекты постановлений и распоряжений Губернатора автономного округа, проекты постановлений и распоряжений Администрации автономного округа, другие документы в пределах возложенных на Департамент задач и полномочий;
5.4.15. вносит в департамент финансов автономного округа предложения по формированию окружного бюджета и финансированию подведомственных Департаменту учреждений;
5.4.16. представляет в Администрацию автономного округа в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации окружных государственных предприятий и учреждений, находящихся в ведении Департамента, в части своих полномочий;
5.4.17. награждает почётной грамотой Департамента, представляет в установленном порядке государственных гражданских служащих Департамента, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий автономного округа в соответствующей сфере деятельности.
5.5. Директор Департамента, его заместители, государственные гражданские служащие Департамента несут ответственность за выполнение задач и функций Департамента, за соответствие подготовленных визируемых ими проектов правовых актов, проектов договоров, проектов других официальных документов согласно действующему законодательству.
5.6. Структурные подразделения Департамента осуществляют свою деятельность в соответствии с положениями, утверждаемыми директором Департамента.