Управление возглавляет начальник - главный государственный ветеринарный инспектор автономного округа, который в пределах своей компетенции:
6.1. Руководит деятельностью Управления и несет персональную ответственность за надлежащее выполнение возложенных на Управление задач и функций, распределяет и утверждает должностные обязанности между работниками Управления.
6.2. Является распределителем средств, выделяемых Управлению.
6.3. Обеспечивает оперативное и правильное ведение делопроизводства в соответствии с действующими инструкциями.
6.4. Издает приказы, дает указания, обязательные для исполнения подведомственными учреждениями, предприятиями, организациями, а по специальным вопросам - обязательными для исполнения ветеринарными службами других ведомств.
6.5. Назначает на должность и увольняет в соответствии с трудовым законодательством руководителей подчиненных учреждений и работников Управления.
6.6. Открывает в банке расчетные и иные счета, подписывает денежные документы.
6.7. Утверждает в установленном порядке штатное расписание подчиненных учреждений и организаций.
6.8. Налагает штрафы в соответствии с законодательством Российской Федерации.
6.9. Представляет интересы Управления по вопросам, входящим в компетенцию Управления, во всех государственных и общественных организациях, районных, городских и окружном арбитражных судах без особой на то доверенности, выдает доверенности (в том числе с правом передоверия), также заключает от имени Управления
хозяйственные договоры в пределах средств, выделенных по смете расходов.
6.10. Заместитель начальника Управления назначается и освобождается от должности Губернатором автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа, курирующего деятельность Управления.
6.11. Согласовывает с администрациями муниципальных образований автономного округа назначение и освобождение руководителей подразделений государственной ветеринарной службы.