Основными задачами Управления являются:
2.1. Организация и контроль за исполнением мероприятий по предупреждению и ликвидации заразных и незаразных болезней животных, планов ветеринарного обслуживания на территории автономного округа.
2.2. Охрана населения от болезней, общих для человека и животных.
2.3. Контроль за исполнением должностными лицами предприятий, учреждений, организаций, иных хозяйствующих субъектов независимо от их подчиненности и форм собственности, гражданами - владельцами животных и продуктов животноводства требований ветеринарного законодательства Российской Федерации, указаний и инструкций Департамента ветеринарии Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, решений государственных органов власти по вопросам ветеринарии.
2.4. Охрана территории автономного округа от заноса заразных болезней животных извне, в том числе из иностранных государств.
2.5. Осуществление государственного ветеринарного надзора в соответствии со статьями 8 - 10 Закона Российской Федерации "О ветеринарии" и Положением о государственном ветеринарном надзоре в Российской Федерации.