В структуру департамента входят:
- управление по развитию базы полезных ископаемых;
- управление по вопросам разработки месторождений углеводородного сырья, его переработки, хранения и реализации;
- управление правового обеспечения;
- управление по формированию информационных ресурсов и информатизации;
- отдел по регулированию отношений в области природопользования;
- отдел финансирования и бухгалтерского учета;
- организационный отдел;
- сектор по кадрам и контролю.