Финансирование деятельности РЭК ЯНАО осуществляется из бюджета Ямало-Ненецкого автономного округа в порядке, определяемом Губернатором автономного округа, с возмещением расходов бюджета за счет отчислений, предусматриваемых в структуре тарифов (цен) на продукцию и услуги предприятий и организаций, регулирование тарифов и цен на которые осуществляет РЭК ЯНАО.