Служба осуществляет следующие государственные функции:
2.1. Организация проведения на территории автономного округа мероприятий по предупреждению и ликвидации болезней животных, их лечению, участие в реализации федеральных мероприятий на территории автономного округа.
2.2. Осуществление защиты населения от болезней, общих для человека и животных, за исключением вопросов, решение которых отнесено к ведению Российской Федерации.
2.3. Изучение ветеринарно-санитарного и эпизоотического состояния объектов животноводства и организация проведения ветеринарного мониторинга.
2.4. Ведение статистического учёта движения карантинных болезней и падежа животных на территории автономного округа в соответствии с нормами действующего законодательства.
2.5. Внесение представления в Правительство автономного округа и органы местного самоуправления о введении карантина, других ограничений, направленных на предотвращение распространения и ликвидацию очагов заразных и массовых незаразных болезней животных на соответствующих территориях.
2.6. Организация изъятия животных и (или) продуктов животноводства при ликвидации очагов особо опасных болезней животных на территории автономного округа с возмещением стоимости изъятых животных и (или) продуктов животноводства.
2.7. Осуществление регистрации специалистов в области ветеринарии, занимающихся предпринимательской деятельностью.
2.8. Осуществление контроля деятельности специалистов в области ветеринарии.
2.9. Организация проведения ветеринарно-санитарной экспертизы продукции и сырья животного происхождения.
2.10. Проведение ветеринарной аттестации юридических лиц, индивидуальных предпринимателей, граждан, занятых в обороте животноводческих грузов на территории автономного округа.
2.11. Осуществление государственного ветеринарного надзора в соответствии с законодательством Российской Федерации.
2.12. Производство по делам об административных правонарушениях.
2.13. Разработка и реализация программ и планов по предупреждению и ликвидации (контролю) инфекционных, инвазионных и массовых незаразных болезней животных, а также по обеспечению контроля безопасности продукции животного происхождения, кормов и кормовых добавок.
2.14. Создание в установленном порядке специальных комиссий для оперативного руководства и координации деятельности юридических и физических лиц по предупреждению распространения и ликвидации очагов заразных и массовых незаразных болезней животных.
2.15. Обеспечение осуществления предусмотренных ветеринарным законодательством Российской Федерации специальных мероприятий по ликвидации очагов заразных и массовых незаразных болезней животных.
2.16. Организация мероприятий, направленных на развитие отношений в установленной сфере деятельности с другими субъектами Российской Федерации в соответствии с законодательством Российской Федерации и автономного округа, договорами и соглашениями.
2.17. Обеспечение в пределах своей компетенции режима секретности и защиты сведений, составляющих государственную тайну, и иной охраняемой законом информации.
2.18. Обеспечение в пределах своей компетенции мобилизационной подготовки, а также обеспечение контроля и координации деятельности подведомственных организаций по их мобилизационной подготовке.
2.19. Организация контроля за выполнением исполнительными органами государственной власти автономного округа, органами местного самоуправления в автономном округе федерального законодательства, поручений Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, законов и иных правовых актов автономного округа, а также решений и поручений Губернатора и Правительства автономного округа в сфере ветеринарии.
2.20. Организация приёма граждан, обеспечение своевременного и полного рассмотрения устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление ответов заявителям в установленный федеральным законодательством и законодательством автономного округа срок.
2.21. Разработка, согласование и представление на рассмотрение в установленном порядке проектов правовых актов автономного округа в установленной сфере деятельности, обеспечение их реализации в пределах своих полномочий.
2.22. Обобщение практики применения федерального законодательства и законодательства автономного округа, проведение анализа и разработка предложений по совершенствованию государственного управления и реализации государственной политики в установленной сфере деятельности.
2.23. Организация в соответствии с федеральным законодательством и законодательством автономного округа прохождения государственной гражданской службы работниками Службы.
2.24. Осуществление функции главного распорядителя и получателя бюджетных средств, предусмотренных на содержание Службы, подведомственных учреждений и реализацию возложенных на Службу функций.
2.25. Осуществление администрирования неналоговых доходов окружного и местного бюджетов в установленной сфере деятельности.
2.26. Проведение в установленном порядке размещения государственного заказа на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных нужд в установленной сфере деятельности, в том числе для обеспечения собственных нужд, а также на проведение научно-исследовательских работ для иных государственных нужд в установленной сфере деятельности.
2.27. Организация профессиональной подготовки, переподготовки, повышения квалификации и стажировки лиц, замещающих должности государственных гражданских служащих в Службе, а также профессиональной подготовки, переподготовки, повышения квалификации и стажировки работников подведомственных учреждений.