1) Организация планирования и выполнения мероприятий гражданской обороны (далее - ГО) в соответствии с предназначением службы.
2) Управление силами и средствами службы при проведении аварийно-спасательных и других неотложных работ в очагах поражения, а также в районах возникновения аварий, катастроф и стихийных бедствий в военное время.
3) Организация мероприятий и контроль за созданием, хранением и своевременным обновлением запасов материально-технических и иных средств.
4) Организация взаимодействия с другими службами гражданской обороны в Ямало-Ненецком автономном округе.
5) Планирование мероприятий по защите сельскохозяйственных животных, продукции животноводства, водоисточников и систем водоснабжения в чрезвычайных ситуациях (далее - ЧС) и в условиях перевода гражданской обороны с мирного в военное время.
6) Организация и проведение лабораторного контроля за заражённостью радиоактивными, химическими веществами и бактериальными (биологическими) агентами сельскохозяйственных животных, продуктов животноводства, почвы и источников водоснабжения на объектах сельского хозяйства.
7) Руководство деятельностью подведомоственных служб защиты сельскохозяйственных животных, создание других формирований этих служб и их оснащение.
8) Разработка предложений по вопросам организации и осуществления специальных мероприятий по защите сельскохозяйственных животных, организация их подготовки.
9) Обеспечение устойчивой работы сельскохозяйственного производства при чрезвычайных ситуациях и переводе системы гражданской обороны Ямало-Ненецкого автономного округа с мирного на военное время путём проведения мероприятий по защите сельскохозяйственных животных, воды и кормов в сельскохозяйственных организациях независимо от форм собственности.
10) Осуществление ветеринарной разведки, лечения, обработки поражённых животных, обеззараживание пастбищ и продукции животноводства.
11) Организация разработки, корректировки и введение в действие плана обеспечения мероприятий гражданской обороны службой защиты сельскохозяйственных животных.
12) Координация деятельности и методическое руководство служб защиты сельскохозяйственных животных муниципальных образований в Ямало-Ненецком автономном округе.