Контроль за ходом выполнения Программы осуществляет Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Министерство сельского хозяйства Республики Алтай представляет информацию в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай, Министерство финансов Республики Алтай о ходе реализации мероприятий Программы в соответствии порядком, установленным постановлением Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9.