Обязанности по реализации Программы, достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение Программы возлагается на Министерство образования, науки и молодёжной политики Республики Алтай.
Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Алтай направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай ежеквартально, в срок до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, аналитическую информацию о ходе реализации Программы согласно приложению N 5 постановления Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9 "О порядке разработки, утверждения и реализации долгосрочных республиканских целевых программ", а также ежегодно до 15 мая доклад об итогах реализации Программы за отчетный период согласно приложению N 6 постановления Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9 "О порядке разработки, утверждения и реализации долгосрочных республиканских целевых программ".
Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Алтай, с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств, ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и размеры затрат по программным мероприятиям, объемы и источники финансирования.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, Министерства образования, науки и молодёжной политики Республики Алтай осуществляют контроль над ходом реализации Программы.