Управление реализацией Программы осуществляется Министерством образования, науки и молодежной политики Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, заказчика Программы, привлеченных независимых экспертов имеет право проводить контрольные проверки хода реализации Программы.