Управление Программой и контроль за ходом ее реализации возлагается на Министерство регионального развития Республики Алтай.
Государственный заказчик - Министерство регионального развития Республики Алтай осуществляет общую координацию и мониторинг работ в рамках Программы, организует формирование нормативной базы, организует работу по реализации Программы в пределах своих полномочий.
К основным функциям Министерства регионального развития Республики Алтай относятся:
координация исполнения мероприятий, включая мониторинг их реализации, оценку результативности;
конкретизация мероприятий, способствующих решению поставленных Программой задач и определение показателей мониторинга, периодичность мониторинга, методики сбора информации.