Управление Программой осуществляется заказчиком-координатором -Министерством труда и социального развития Республики Алтай, на которое возлагается ответственность за качественное и своевременное исполнение программных мероприятий, эффективное использование финансовых средств, выделяемых на реализацию Программы. Государственные заказчики (соисполнители) предоставляют в Министерство труда и социального развития Республики Алтай информацию о планируемых мероприятиях на текущий год и по реализации мероприятий по итогам финансового года.
Министерство труда и социального развития Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и затраты по программным мероприятиям, объемы и источники финансирования, механизм реализации Программы.
Контроль за целевым использованием финансовых средств осуществляет Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай и Министерства труда и социального развития Республики Алтай.