Механизм изъятия "отрицательных трансфертов" установлен Законом Республики Алтай от 27.07.2005 года N 54-РЗ "О межбюджетных трансфертах в Республике Алтай". Основной критерий при расчете данных субсидий - превышение подушевых расчетных налоговых доходов в отчетном году над установленным уровнем.
В связи с тем, что до 2008 года ни по одному муниципальному образованию уровень подушевых расчетных налоговых доходов не превышал установленный уровень, "отрицательный трансферт" с муниципальных образований не удерживался.
В 2009 году субсидии подлежащие перечислению из бюджетов поселений и муниципальных районов (городских округов) Республики Алтай в республиканский бюджет предоставляются только из бюджета муниципального образования "г.Горно-Алтайск" в размере 50 000 тыс. рублей. Объем подушевых налоговых доходов данного муниципального образования превышает в 2,1 раза установленный уровень.
В 2010 году в связи со сложной ситуацией с поступлением доходов в бюджет МО "г.Горно-Алтайск" и необходимостью обеспечения бюджетных расходов, связанных с исполнением функций столицы Республики Алтай, "отрицательный трансферт" в республиканский бюджет не предусмотрен.