До 2006 года межбюджетное регулирование в Республике Алтай осуществлялось по 10 муниципальным районам и 1 городскому округу. С началом реформы местного самоуправления с 1 января 2006 года субъектами межбюджетных отношений стали вновь образованные 92 поселения, наделенные статусом муниципальных образований в соответствии с Законом Республики Алтай от 13.01.2005 N 10-РЗ "Об образовании муниципальных образований, наделении соответствующим статусом и установлении их границ".
Неравномерность распределения налогооблагаемой базы по муниципальным образованиям в Республике Алтай, связанная с различиями муниципальных образований в уровне социально - экономического развития, территориальном расположении, демографическом положении и рядом других объективных факторов, осложняет, а порой и делает невозможным самостоятельное решение органами местного самоуправления вопросов местного значения.
Так, в 2007 году при распределении дотации на выравнивание уровня бюджетной обеспеченности минимальный уровень расчётной бюджетной обеспеченности был 0,6, максимальный - 2,1, то есть дифференциация составляла 3,5 раза. После распределения указанных дотаций минимальный уровень бюджетной обеспеченности стал 0,8, максимальный – 1,7, то есть разница в 2,1 раз. Таким образом, сокращение дифференциации произошло в 1,7 раза.
Реализация Ведомственной целевой программы в 2009 году позволила повысить бюджетную обеспеченность муниципальных образований в Республике Алтай до 1,29 и сократить разрыв между наиболее и наименее обеспеченными муниципальными образованиями в Республике Алтай до 1,11 раза.
Действующая система межбюджетного регулирования позволяет каждому муниципальному образованию независимо от объёма поступлений налоговых и неналоговых доходов в местный бюджет оказывать определённый набор муниципальных услуг и обеспечивать деятельность органов местного самоуправления.
Однако, когда выравнивающая функция становится преобладающей, это усиливает зависимость экономического развития муниципальных образований от регионального бюджета, не способствует более полному использованию условий их саморазвития, требует централизации огромных финансовых ресурсов на региональном уровне.
В связи с этим, возникает необходимость совершенствования форм бюджетного регулирования для создания условий для развития и увеличения муниципальными образованиями налогового потенциала и роста собственной доходной базы.
Развитие муниципальных финансов, их реформирование является важнейшим звеном в решении проблем межбюджетных отношений, определяющая роль которых очевидна в укреплении основ местного самоуправления. Укрепление финансовых основ местных бюджетов создаёт предпосылки к повышению роли местного самоуправления как публичной власти, способной нести всю полноту ответственности за обеспечение нужд и потребностей населения, проживающего на территории муниципального образования.
По итогам регулярно проводимого мониторинга следует отметить, что качество управления финансами муниципальных образований оставляет желать лучшего. Количество муниципальных образований, ведущих работу по внедрению инструментов бюджетирования, ориентированного на результат - 2, что составляет 18% от общего числа муниципальных районов и городского округа).
Одной из важнейших проблем является низкая заинтересованность муниципальных образований в реализации мероприятий по повышению качества управления муниципальными финансами в связи с нехваткой финансовых ресурсов на покрытие текущих потребностей.
Поскольку сохраняется высокая зависимость местных бюджетов от финансовой помощи, и все муниципальные образования, за исключением городского округа, являются получателями дотаций из республиканского бюджета - эффективность системы межбюджетных трансфертов, предоставляемых бюджетам муниципальных образований из республиканского бюджета, обуславливает состояние муниципальных финансов.
Обеспечение условий для финансовой стабильности муниципальных образований в Республике Алтай позволит обеспечить социально-экономическое развитие региона и гарантировать всем гражданам, независимо от места их проживания необходимый объем бюджетных услуг.