Государственным заказчиком и основным исполнителем Программы является Министерство финансов Республики Алтай. Ответственным исполнителем мероприятий Программы в Министерстве финансов Республики Алтай является отдел межбюджетных отношений.
Государственный заказчик осуществляет меры по полному качественному выполнению мероприятий Программы (ежегодная подготовка сводной бюджетной заявки и внесение ее в установленном порядке для учета при формировании проектов прогнозов социально-экономического развития республики и республиканского бюджета, подготовка информации, докладов по результатам выполнения мероприятий Программы и организационно-техническое обеспечение работы программы).
Контроль за осуществлением Программы планируется осуществлять на основе проведения систематической оценки эффективности осуществления Программы в соответствии с приложением 2 Программы, в котором установлена система показателей (целевых индикаторов) и целевых значений для осуществления оценки эффективности осуществления Программы.