1. Государственный заказчик Подпрограммы осуществляет:
- ежегодную подготовку финансовых заявок в проект республиканского бюджета на выплату целевых займов молодым семьям;
- мониторинг реализации Подпрограммы;
- общий контроль за реализацией Подпрограммы;
- подготовку предложений по совершенствованию нормативно-правовой базы для реализации Подпрограммы.
2. Оперативную реализацию Подпрограммы осуществляет Фонд жилищного строительства при Правительстве Республики Алтай.
3. Функции финансового контроля выполняет Министерство финансов Республики Алтай.