Управление Программой и текущий контроль за реализацией программных мероприятий осуществляет государственный заказчик - координатор Программы – Министерство здравоохранения Республики Алтай.
В реализации Программы принимают участие государственные заказчики - Министерство образования науки и молодежной политики Республики Алтай, Министерство труда и социального развития Республики Алтай, Министерство культуры Республики Алтай, Комитет по физической культуре и спорту Республики Алтай.
Для выполнения мероприятий Программы могут привлекаться Территориальное Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Алтай, Территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития по Республике Алтай, органы местного самоуправления в Республике Алтай.
Ответственность за своевременное и качественное выполнение мероприятий Программы, рациональное использование финансовых средств, выделяемых на их реализацию, несут руководители министерств, комитетов, ответственные за исполнение мероприятий Программы.
Ход выполнения Программы регулярно рассматривается на заседаниях Правительства Республики Алтай и заседаниях Правительственной комиссии Республики Алтай по формированию здорового образа жизни у населения Республики Алтай, утвержденной распоряжением Правительства Республики Алтай от 24 июня 2009 года N 296-р "О создании Правительственной комиссии Республики Алтай по формированию здорового образа жизни у населения Республики Алтай", на которых заслушивается информация исполнителей мероприятий Программы.
Контрольные проверки реализации Программы проводит Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай. Министерство здравоохранения Республики Алтай ежеквартально, до 15 числа месяца следующего за отчетным кварталом готовит и направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай аналитическую информацию о ходе реализации Программы, ежегодно до 15 мая направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай доклад об итогах реализации Программы за отчетный период.