Управление реализацией программы осуществляется Министерством образования, науки и молодёжной политики Республики Алтай.
Обязанности по реализации программы, достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение программы возлагается на Министерство образования, науки и молодёжной политики Республики Алтай, Министерство культуры Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай и Министерства образования, науки и молодёжной политики Республики Алтай имеют право проводить контрольные проверки хода реализации программы.