Текущий контроль за реализацией целевой программы осуществляет Министерство труда и социального развития Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, Министерства труда и социального развития Республики Алтай, привлеченных независимых экспертов имеет право проводить контрольные проверки хода реализации целевой программы.