Управление Программой и текущий контроль над ходом реализации Программы осуществляет Правительство Республики Алтай в лице Единого аппарата Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай.
Исполнительные органы государственной власти Республики Алтай осуществляют оперативный контроль над исполнением программных мероприятий в пределах компетенции и представляют отчеты об их реализации в Единый аппарат Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай в соответствии с Положением о порядке разработки, утверждения и реализации долгосрочных республиканских целевых программ, утвержденным постановлением Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9.