Текущий контроль за реализацией мероприятий в рамках Программы, целевым использованием бюджетных средств, координацию деятельности всех участников Программы осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, Министерства регионального развития Республики Алтай, привлеченных независимых экспертов имеет право проводить контрольные проверки хода реализации Программы.
Доклад об итогах реализации за отчетный период Программы предоставляется Министерством регионального развития Республики Алтай в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай в установленные законодательством Республики Алтай сроки.