В реализации мероприятий подпрограммы "Обеспечение общих условий функционирования отраслей агропромышленного комплекса" планируется участие сельскохозяйственных организаций.
Противоэпизоотические мероприятия осуществляют государственное бюджетное учреждение Республики Алтай "Республиканская ветеринарная лаборатория" и 10 районных станций по борьбе с болезнями животных.
Государственное научное учреждение "Горно-Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук" проводит научные исследования в сфере агропромышленного комплекса, в том числе по заказам органов государственной власти Республики Алтай.
В рамках подпрограммы реализация инвестиционных проектов не планируется.