В реализации мероприятий подпрограммы "Развитие отраслей агропромышленного комплекса" принимают участие следующие организации:
федеральное государственное учреждение "Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Республике Алтай" занимается вопросами строительства и обслуживания мелиоративных систем;
федеральное государственное учреждение "Станция агрохимической службы "Горно-Алтайска" осуществляет проведение агрохимического обследования земель, мониторинг почвенного плодородия;
филиал Федерального государственного учреждения "Российский сельскохозяйственный центр" по Республике Алтай осуществляет контроль качества семенного материала и защиту растений;
государственное научное учреждение "Горно-Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук" проводит научные исследования в сфере агропромышленного комплекса, в том числе по заказам органов государственной власти Республики Алтай.
В рамках подпрограммы реализация инвестиционных проектов не планируется.