Контроль за исполнением Программы возлагается на Министерство регионального развития Республики Алтай.
Контроль за целевым и эффективным использованием выделенных средств осуществляют Министерство регионального развития Республики Алтай, Министерство финансов Республики Алтай, Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Государственный заказчик Программы готовит и направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай бюджетные заявки на выделение ежегодных ассигнований для финансирования настоящей Программы из республиканского бюджета Республики Алтай, а также представляет ежеквартальную информацию о ходе реализации Программы.
Муниципальные образования представляют отчетные данные в Министерство регионального развития Республики Алтай в соответствии с условиями Соглашений, заключенных между Министерством регионального развития Республики Алтай и муниципальными образованиями в Республике Алтай, на получение субсидий из республиканского бюджета Республики Алтай.
Отчет по реализации Программы представляется в соответствии с законодательством Республики Алтай.