Текущий контроль за реализацией мероприятий в рамках Подпрограммы, за целевым использованием бюджетных средств осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай.
Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай с участием Министерства финансов Республики Алтай, Министерства регионального развития Республики Алтай, привлеченных независимых экспертов имеет право проводить контрольные проверки хода реализации Подпрограммы.
Доклад об итогах реализации за отчетный период Подпрограммы предоставляется Министерством регионального развития Республики Алтай в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай в установленные законодательством Республики Алтай сроки.