Управление и контроль за ходом реализации целевой программы осуществляется Министерством экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Республиканская комиссия по проведению административной реформы, образованная распоряжением Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай от 3 мая 2006 года N 112-рГ, осуществляет общий контроль исполнения мероприятий Программы.
Государственные заказчики целевой программы в рамках своих полномочий осуществляют оперативный контроль. Государственные заказчики целевой программы осуществляют оперативный контроль за исполнением мероприятий целевой программы по вопросам своей компетенции и представляют отчеты об их реализации в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай в соответствии с разделом VI Положения о порядке разработки, утверждения и реализации долгосрочных республиканских целевых программ, утвержденного постановлением Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9.