В случаях, когда при исполнении бюджета уровень дефицита превышает установленный или происходит значительное снижение поступлений от доходных источников, Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай по предложению Правительства Республики Алтай принимает решение о введении механизма секвестра расходов. Механизм секвестра может вводиться также в случае, если в ходе исполнения бюджета дефицит не уменьшается, результатом чего является невозможность финансирования предусмотренных в бюджете мероприятий.