Управление Подпрограммой и контроль за ее исполнением возлагается на Министерство регионального развития Республики Алтай, Министерство финансов Республики Алтай, Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Контроль ведется на основе предоставления ежемесячной и ежеквартальной отчетности главными распорядителями бюджетных средств республиканского бюджета Республики Алтай и муниципальными образованиями в Республике Алтай Министерству регионального развития Республики Алтай.
Контрольные проверки использования целевых средств осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай совместно с Министерством финансов Республики Алтай, Министерством экономического развития и инвестиций Республики Алтай.