Управление Программой и контроль за ее исполнением возлагается на Министерство регионального развития Республики Алтай, Министерство финансов Республики Алтай.
Контроль ведется на основе предоставления ежемесячной и ежеквартальной отчетности муниципальными образованиями в Республике Алтай Министерству регионального развития Республики Алтай для подготовки и предоставления сводного отчета в Фонд содействия реформированию жилищно-коммунального хозяйства.
Контрольные проверки использования целевых средств осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай совместно с Министерством финансов Республики Алтай.